BVĐK huyện Hương Sơn được thành lập vào năm 1960. Thời điểm đó bệnh viện chỉ là một trạm xá, sau đó được nâng cấp lên thành bệnh viện tuyến huyện. Ngày đó bệnh viện lấy tên gọi là TTYT huyện Hương Sơn. Cơ sở vật chất từ một gian nhà lá đơn sơ, được xây dựng một nhà lợp ngói cấp bốn nằm tại khu vực cầu Chuối Bù, gần sông Ngàn Phố và đường quốc lộ 8b. Thời kỳ đó chỉ có khoảng 10 chiếc giường gỗ đơn sơ dùng để điều trị cho bệnh nhân. Trang thiết bị y tế thì thô sơ, đội ngũ thầy thuốc chỉ có 01 Y sĩ, 03 Y tá và 01 Nữ hộ sinh. Tuy đội ngũ thầy thuốc rất mỏng, nhưng nhân dân đến khám và điều trị đông; lúc nào cũng trong tình trạng quá tải. Không ít những người dân miền thượng Hương Sơn đùm cơm, cuốc bộ hàng chục cây số để đến khám và điều trị. Chính sức hút và niềm tin ban đầu của nhân dân đã tạo nên động lực lớn, giúp cho đội ngũ cán bộ ngành y ngay từ những ngày đầu trứng nước đã vượt lên chính mình, đạp bằng mọi khó khăn vất vả, một lòng một dạ vì người bệnh.

      Đơn vị hoạt động được bốn năm thì cả nước xẩy ra chiến tranh. Ngày 5 tháng 8 năm 1964 giặc Mỹ cho máy bay bắn phá miền Bắc, điểm đánh đầu tiên của chúng là kho xăng và phà bến Thủy thành phố Vinh. Sau đó những địa điểm tiếp theo như Phà Linh Cảm, được quốc lộ 8B và cầu Nầm là mục tiêu oanh tạc thường xuyên của máy bay Mỹ. Trước tình hình này bệnh viện đa khoa huyện Hương Sơn theo lệnh của cấp trên phải sơ tán vào địa điểm xã Sơn Phú. Điểm sơ tán của bệnh viện nằm trên những ngọn đồi lúp xúp được phủ kín bằng những rừng cọ. Đội ngũ thầy thuốc của bệnh viện thực sự cảm kích trước tấm lòng đùm bọc và giúp đỡ chí tình, chí nghĩa của nhân dân xã Sơn Phú. Nhiều người dân đã tự nguyện tham gia giúp bệnh viện đào hầm hào giao thông trú ẩn. Với khí phách và hơi thở hào hùng, mỗi cán bộ nhân viên bệnh viện Hương Sơn đều mang trong mình tình thần “tiến công cách mạng” thực hiện lời kêu gọi của Bác Hồ: “ Không có gì quý hơn độc lập và tự do” “ Tất cả để đánh thặc giặc Mỹ xâm lược”.

      Mặc dù gặp vô vàn khó khăn, gian khổ nhưng bệnh viện vẫn từng bước phát triển. Mạng lưới trạm y tế xã dần dần được gây dựng và mở rộng. Chặng đường từ tháng 8/1964 đến 30/4/1975 là một “cột mốc” lịch sử huy hoàng của bệnh viện Hương Sơn. Nhìeu người đã được Nhà nước tặng Huân huy chương, chiến sỹ thi đua như Bác sĩ Nguyên Quang Hai, BS Đoàn Ngọc Côi, Hộ lý Nguyễn Thị Hường, Y tá Phan Thị Xanh. Họ không chỉ là những người được quá khứ vinh danh mà còn là những tấm gương sáng cho lớp đội ngũ y tế tiếp bước theo sau.

      Sau ngày miền Nam hòan toàn giải phóng, nước nhà thống nhất cả nước chung sức, chung lòng, vừa ra sức hàn gắn vết thương chiến tranh, vừa xây dựng Chủ nghĩa xã hội. Năm 1976 theo tinh thần của Trung ương, tỉnh Hà Tĩnh và tỉnh Nghệ An được hợp nhất thành tỉnh Nghệ Tĩnh. Mô hình các bệnh viện tuyến huyện được hoạt động qua sự điều hành của Sở y tế Nghệ Tĩnh, do Bác sĩ Phạm Văn Đòan làm giám đốc. Thời điểm này đang còn nằm trong cơ chế quan liêu bao cấp, trì trệ, đời sống nhân dân cả nước rất khó khắn, riêng tỉnh Nghệ Tĩnh thiếu lượng thực nghiêm trọng nhất nước. Tác động của nền kinh tế ảnh hưởng đến mọi hoạt động đời sống của nông dân, công nhân, cán bộ, nhất là những đơn vị sự nghiệp hành chính như giáo dục, y tế.

      Năm 1978 TTYT huyện Hương Sơn từ Sơn Phú được chuyển về địa điểm mới tại khu vực Nầm. Cơ sở vật chất được “vận dụng” từ những ngôi nhà ở cũ của trại an dưỡng thương binh đoàn 70 (Khe Cò) về sửa sang lại để làm nơi khám và điều trị cho bệnh nhân. Trong lúc này bệnh viện phải đối mặt với nhiều khó khăn: Thiếu nhân lực có trình độ đào tạo chuyên sâu, thiếu trang thiết bị và thuốc men để điều trị cho bệnh nhân. Đời sống cán bộ công nhân viên thiếu ăn, thiếu mặc và mọi sinh hoạt khác. Nhưng cán bộ bệnh viện vẫn đùm bộc, thương yêu nhau, một lòng, một dạ với người bệnh. Trong khó khăn nhưng vẫn giữ được phẩm chất của đội ngũ thầy thuốc đúng như lời bác dạy “Lương y phải như từ mẫu”.

      Từ năm 1995 đến năm 2005, một thập kỷ tiếp nối những thành quả mà các thế hệ thầy thuốc của bệnh viện Hương Sơn đạt được đó là: Về cá nhân, mỗi cán bộ công nhân viên đều luôn có ý thức rèn luyện cả về đào đức và chuyên môn, thường xuyên trau dồi bản lĩnh, tích cực tham gia mọi hoạt động của đơn vị. Về tập thể: Tăng cường rèn luyện kỹ cương, nề nếp, tăng cường gửi cán bộ đi đào tạo về chuyên môn để nâng cao tay nghề. Một số cán bộ trẻ có khả năng và triển vọng gửi đi đào tạo các khóa chuyên tu ở các trường đại học. Các tổ chức chính trị như chi bộ, công đòan, thanh niên, phụ nữ,… đều hoạt động rất hăng hái. Duy trì tốt các phong trào văn hóa văn nghệ, thể dục thể thao, tham gia các hoạt động từ thiện…

      Trong năm 1991 là một năm bùng nổ về dịch sốt rét, trong năm phát hiện 2941 ca mắc bệnh sốt rét. Đến năm 2000 số người mắc bệnh sốt rét còn 875 người. Từ năm 2001 đến nay đã chấm dứt được dịch sốt rét và Hương Sơn được du khách đánh giá là điểm phong cảnh hữu tình và an toàn nhất về môi trường sinh thái.

          Đến tháng 3 năm 2008 BVĐK huyện Hương Sơn được thành lập theo Quyết định số 1168/QĐ-UBND ngày 28/4/2008 của Ủy Ban Nhân dân tỉnh (tách ra từ TTYT huyện Hương Sơn). Biên chế  năm  2008 và 2009 được giao: 137; Biên chế: 135; Hợp đồng 68: 02 người: BS  16 người.

Đến nay Bệnh viện đa khoa huyện Hương Sơn là Bệnh viện hạng III, với quy mô 100 giường bệnh kế hoạch và 313 giường bệnh thực kê; Có 14 khoa, phòng; Có 155 cán bộ, viên chức và người lao động (biên chế: 130; hợp đồng: 25), trong đó có: 15 Bác sỹ CKI, 20 BSĐK ( 03 BS hợp đồng), 2 Dược sỹ ĐH, 02 CNĐD, 01 CNCĐHA, 01 CNXN. Với phương châm tất cả vì nhân dân phục vụ, hướng tới sự hài lòng của người bệnh. BVĐK huyện Hương Sơn không ngừng đổi mới và phát triển. Tiếp tục cải tạo nâng cấp cơ sở vật chất, mua sắm và đã đưa vào hoạt động các trang thiết bị hiện đại như: Máy Nội soi dạ dày- tá trang, máy xét nghiệm sinh hóa tự động, máy xét nghiệm miễn dịch, máy XQ kỹ thuật số, máy siêu âm 4D,… Bên cạnh đó bệnh viện cũng thường xuyên triển khai thêm nhiều kỹ thuật mới, kỹ thuật vượt tuyến như: Phẫu thuật nội soi, phục hồi chức năng, xét nghiệm miễn dịch,…Đặc biệt triển khai ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác khám chữa bệnh.

Hiện nay, Bệnh viện đa khoa huyện Hương Sơn là Bệnh viện hạng II, với quy mô 130 giường bệnh kế hoạch và 3120 giường bệnh thực kê; Có 14 khoa, phòng;

Có 175 cán bộ, viên chức và người lao động (biên chế: 139; hợp đồng: 36), trong đó có: 15 Bác sỹ CKI, 25 BSĐK (01 BS hợp đồng), 1 DS CKI, 2 Dược sỹ ĐH, 65 Cán bộ Điều dưỡng trong đó có 14 Điều dưỡng Đại học, 16 KTV y ( trong đó có 5 KTV có trình độ Đại học) và 16 cán bộ khác (10 cán bộ có trình độ ĐH). Với phương châm tất cả vì nhân dân phục vụ, hướng tới sự hài lòng của người bệnh. BVĐK huyện Hương Sơn không ngừng đổi mới và phát triển.

Tiếp tục cải tạo nâng cấp cơ sở vật chất, mua sắm và đã đưa vào hoạt động các trang thiết bị hiện đại như: Máy chụp cắt lớp vi tính, máy Nội soi dạ dày- tá tràng, máy xét nghiệm sinh hóa tự động, máy xét nghiệm miễn dịch, máy XQ kỹ thuật số, máy siêu âm 4D,…


   Ngày 22/6/2020 UBND tỉnh Hà Tĩnh ra Quyết định số 1927/QĐ-UBND thành lập Trung tâm Y tế huyện Hương Sơn ( trên cơ sở gộp 3 đơn vị: Bệnh viện đa khoa Hương Sơn, Trung tâm Y tế Dự phòng Hương Sơn và Trung tâm Dân số Hương Sơn).